自經區究竟對台灣農業是好還是壞？我們詢問了基層農民的心聲，農友憂心若沒有配套就開放，台灣農作物價格根本無法和中國大陸較低價的產品競爭，學者也點出，影響的恐怕是整個農業生態鏈，來看我們的專題報導。
比起中國大陸，台灣土地面積相對較小，農作物成本 當然也比較高，以台灣紅豆來說，八成都用在食品加工，像是紅豆麵包等，台灣產每公斤88元，中國出口價只要33元，價差超過兩倍，這要農民如何競爭？
農友 侯來換：中國製造只要來到台灣，經過加工以後，出去就變台灣的，那如果以後驗到有農藥殘毒，是大陸的還是台灣的？可能對我們農產品的信譽品牌，會影響到。
農委會主委陳吉仲就直言了，自經區享有免關稅、出口稅、營利事業所得稅優惠，食品加工業者，當然會偏向使用低價農產原料，但問題是卻還是能掛上MIT外衣。
品牌聲量累積不易，一旦市場失了信心，影響的可還不只是基礎農業。以目前政府管制的830項，農產品進口來看，包括稻米、玉米、花椰菜、蒜頭、香蕉、鳳梨、牛豬雞鴨等肉類，都在其中，一旦開放就等於全都能來台加工，製成品一條路是外銷，另一條路就是流向台灣市場。
我們忽略了這樣子的一個原料安全的把關，而是用其他國家，相對來講未必安全的，某種程度就會形成疑惑。
台灣農業年總產值5451億元，投入加工的農產品約佔三成七，而自經區的免關稅獎勵，首先衝擊的就是農產食品加工，出口值的799億元。
中經院科技政策評估中心主任 林桓億：積極在鼓勵台灣農業變成是一個精緻農業，農業轉型的時候，如果自經區的條例被立法院通過的話，會導致說農業遇到瓶頸沒有辦法轉型，那我們的農業就這樣沒落下去。
沒有明文規定，農產原料使用比例，也無其他配套下，自經區對台灣農業究竟是加值，還是挑戰更巨？
