政權輪替之後，新政府對日本的態度大轉彎，原本馬前總統宣示的「護漁行動」，海軍軍艦已經退到沖之鳥礁兩百海里以外，新政府也不再稱之為「礁」，或是「公海」，改以「沖之鳥海域」取代。另外日本媒體報導，七月即將開放輻射食品進口台灣，對此政府嚴正否認。
沖之鳥爭議，520前後大轉彎，原本馬政府堅稱那不是島，現在蔡政府改口不再叫它是礁，是島？是礁？新政府希望擱置爭議，等待聯合國的決定，國民黨中央緊急出面打臉，日本的主張早在2012年遭到否定。
藍綠看法不同，做法也有著明顯差異，前政府強力護漁闖進海域，新政府不想衝突，已經下令軍艦退出兩百海里之外，不只護漁態度不同，日本共同社報導，七月將進口輻射五縣市食品來台，是真的嘛？一說風險評估、二要科學證據，只要兩條件獲得滿足，日本輻射食品的確可能來台，馬政府對日嚴正，蔡政府對日友善，前後態度有著180度的不同。
