如果上班遲到被扣薪水，當天又晚下班的話，雇主還是必須發給你加班費，因為加班費的計算方式和一班工時是不同的，也就是遲到扣的錢和加班的錢得分開計算。還有如果因為請育嬰假，被公司扣三節獎金都是違法的，雇主一旦違法可以開罰2萬到30萬元。
一大早的車陣裡有多少焦急的心，就怕趕到公司已經被算遲到會挨罰，不過遲到的時候員工權利義務怎麼算，來看勞動部的最新解釋，台南一間金屬製造公司遭到勞檢時，被發現讓員工加班卻沒給加班費，因此挨罰，公司喊冤說是員工自己遲到，應該不用發加班費。的確不少公司員工如果打卡晚了得扣薪水，或者是給員工彈性上下班時間，把工時補回來，但如果又扣薪又得補工時，這家公司恐怕就已經違法了。
勞動部解釋，假設一間公司的正常上下班時間是從早上八點到下午五點，員工遲到半小時，因為這段時間沒提供勞務，雇主可以扣減薪資，但得依照遲到時間與工資的比例不可以額外多扣，而如果勞工晚半小時下班，超過正常下班時間後的工時，老闆還是得照發加班費，一毛不能少。
但也有例外情形，就是如果勞工遲到了，又不想被扣薪，則勞資雙方可以約定延後當天正常工作時間，這樣僱主不能扣員工薪水，延後下班的時間，則也不用發給加班費，否則又扣薪又延後下班，讓勞工吃虧，還有的雇主以員工請育嬰假當作理由，不發三節獎金，都是一旦被抓到主管機關分別可以開罰2萬到30萬元。
