李登輝一生當了12年的中華民國總統，卸任前幾個月發表的「兩國論」，引起一陣喧騰。李登輝事後回憶，「兩國論」提出的背景，是為了反制中共將台灣定位為地方政府的思維。
1999年7月9日，前總統李登輝接受德國之聲中文網訪問，在回應媒體所提「北京政府視台灣為『叛離的一省』，該如何因應」時，李登輝將兩岸定位為「特殊的國與國關係」，簡稱「兩國論」。
李登輝當時表示，中共成立以後，從未統治過中華民國所轄的台、澎、金、馬。中華民國在1991年的修憲，將憲法的地域效力限縮在台灣，並承認中華人民共和國在大陸統治權的合法性。
他說，1991年修憲以來，已將兩岸關係定位在國家與國家，至少是「特殊的國與國的關係」，而非一合法政府、一叛亂團體，或一中央政府、一地方政府的「一個中國」的內部關係。
面對記者追問「台獨」與「一國兩制」間是否有折衷方案時，李登輝說，中華民國從1912年建立以來，一直都是主權獨立的國家，又在1991年的修憲後，兩岸關係定位在「特殊的國與國關係」，所以並沒有再宣布台灣獨立的必要。
李登輝在2016年出版的「餘生：我的生命之旅與台灣民主之路」中重憶「兩國論」提出背景時指出，當年10月1日是中共「建國」50周年，北京打算藉此對外宣告，「台灣與香港並列，透過一國兩制合併」。
李登輝表示，一旦有了這個宣示動作，台灣將會被逼入困境，所以有必要先發制人，在這時間點明確表示「兩岸關係是特殊的國與國關係」。「兩國論」提出後，對岸立刻抱以高度關注，時任中國大陸海協會會長汪道涵在1999年7月12日的媒體專訪中，對此表示「驚訝」，並指這將使海峽兩岸兩會在「一個中國」原則下，授權進行相互接觸、對話與商談的基礎不復存在。
此外，時任中共總書記江澤民與美國總統柯林頓（Bill Clinton）在熱線通話中抨擊「兩國論」；北京更以「兩國論」為由，再度片面中斷海基會與海協會的接觸與協商管道，並持續到接下來民進黨的8年執政期。
至於美國方面，柯林頓在當年9月11日與江澤民會談時表示，「兩國論」已經帶給中國和美國雙方「更多困難」；但柯林頓也明告江澤民，如果中國要對台灣訴諸武力的話，將「造成嚴重後果」。
儘管中美對「兩國論」持負面看法，但當時的行政院大陸委員會在委託中華徵信所於當年8月27日至31日所做的民調顯示，高達65.5%的民眾贊成「兩國論」的說法，不贊成的民眾為24.8%，無意見的則有9.7%。
從民調上來看，「兩國論」在當時獲得逾6成民意支持。因此有看法認為，與其說「兩國論」是「橫空出世」的兩岸論述，實則反映了逾半台灣民眾對當時「兩岸現狀」的理解與認知。
（封面圖／翻攝自李登輝臉書）
