爭議不斷的教育部長吳茂昆上任只有40天就請辭獲准，外界將矛頭指向蔡英文政府，認為吳茂昆只是被當作「拔管」的棋子，如今階段性任務完成才會請辭下台，不過對於這樣的說法，行政院長賴清德親自出面澄清，表示吳茂昆請辭原因，是2005年擔任國科會主委時，申請到大陸參與兩場座談會，其中一場行政院並沒有核准，因此違法。
本會期最後一次院會，行政院長賴清德按照慣例到立法院感謝大家的努力，只是內閣成員又爆震撼彈，教育部長吳茂昆請辭獲准，結束40天的任期。行政院長賴清德：「我們兩個人通過電話，我贊成他要以一樣標準檢驗自己的理念，因此我接受他的辭呈。」
▼行政院長賴清德在本會期最後一次院會，到立法院感謝大家（圖／東森新聞）
面對媒體提問，賴清德有備而來，對吳茂昆請辭原因娓娓道來，原來是因為2005年吳茂昆擔任國科會主委時，申請到大陸參與座談會，但其中一場行政院並未核准，明顯違法。行政院長賴清德：「他一直到最近才知道，兩場國際的研討會，當時行政院只准第一場，他希望辭去教育部長的職務止住紛爭，讓教育部的工作也能夠順利的推展。」
只是吳茂昆在辭職聲明中指出，接任教育部長以來，被撲天蓋地的不實指控和抹黑，在野黨立委也極盡所能羞辱他，國民黨立委對此相當不滿，開記者會反擊。
▼國民黨立委開記者會反擊（圖／東森新聞）
國民黨黨團書記長李彥秀：「民進黨為了個卡管、拔管，把教育部長變成民進黨的拔管免洗筷。」國民黨立委柯志恩：「吳部長你就是明顯的違反國家機密保護法，跟兩岸人民關係條例，你不要告訴我用最高的道德標準，沒有。」
一個台大校長遴選，讓兩位教育部長最終都以請辭收場，先不談政治因素，這場拔管案已讓台大校長遴選立下負面先例。
