受凱米颱風影響，縱貫線（嘉義-新營間）因八掌溪溢流，於南靖-後壁間八掌溪橋南橋台路基遭冲刷掏空；北迴線（和仁-崇德間）K48+500、K56+620、K56+820土石流淹沒東、西線軌道及K53+800小清水溪橋樑西正線沖毀，造成雙線不通。
卓榮泰院長在前段時間也到了臺鐵崇德車站視察聽取災損情形，並感謝工程人員的辛勞，院長也多次強調，要以安全為第一優先，並要求交通部、臺鐵公司務必特別留意第一線搶修人員工作安全、相關橋樑要完成技師鑑定、各工項要確實檢查，確保恢復通車後之行車安全。
臺鐵公司依卓院長指示，在確保搶修人員及工程安全狀態下，經多日搶修並完成檢視橋梁安全及路線試運轉後，8月2日首班車起，縱貫線嘉義-新營間恢復雙線通車、北迴線和平-崇德間東正線恢復單線雙向通車，全線列車全面恢復正常行駛，惟因受初期限速慢行影響，通過嘉義-新營間該路段各次列車平均延誤約10分鐘；和平-崇德間該路段各次列車平均延誤約20-30分鐘。
因北迴線K53+800小清水溪橋樑預估今年12月底方能搶修完成恢復通車，為避免列車誤點影響旅客行程安排，臺鐵公司計畫於8月30日起至東部幹線恢復雙線正常行駛止，進行部份列車時刻調整，8月30日以後之對號列車車票延後至8月16日0時起開放訂票。
其他行車事項如下：
8月2日加開5306次（花蓮往新左營，08:35開、13:34到）、5321次（新左營往花蓮，17:26開）普悠瑪號照常行駛。
自8月3日起1次、2次觀光列車環島之星恢復行駛。
