海基會董事長鄭文燦疑似涉貪外，他的爭議也不少。像是遭點名與imB詐騙案首腦關係良好。另外也被立委黃國昌指控與88會館郭哲敏勾結，炒作桃園捷運周圍土地。更讓人印象深刻的，是鄭文燦疑似和一名女子到澳門知名酒店開房間。鄭文燦否認，說影片是經過移花接木。
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穿著襯衫的男子與一名女子現身飯店房間門口，進房後待了32分鐘，男子遭起底疑似鄭文燦，當時被點名的他是這麼回應。時任行政院副院長鄭文燦（2023．10）：「我看那影像，年代久遠，經過剪接，我想不要任意影射。」
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言下之意影片被移花接木，是真還是假北檢調查中，政治路從桃園發跡，8年地方執政，讓鄭文燦一度被視為接班梯隊，但他的爭議也不少，時任政院副院長的鄭文燦參加imB詐騙集團首腦的春酒，打詐難道都是假？時任行政院副院長鄭文燦（2023.05）：「我跟他們沒有往來，單純參加活動。」
鄭文燦自清不是詐騙集團幫凶，這部分北檢正在偵辦，鄭文燦涉貪讓他過去著名三大案又被翻出，這間位於內湖的招待所，劇傳是百億賭王林秉文與88會館負責人郭哲敏開的，鄭文燦曾經出入過，雙方勾結炒作桃園捷運周圍土地。桃園市議員凌濤（國）：「八德郭哲敏集團，如果得逞的話，竟然也會賺暴利高達31億，這無關政黨色彩，有關單位一定要徹底，徹查到底。」
另外鄭文燦擔任桃園市長期間，部下也紛紛出包，經發局長朱松偉桃捷總經理，陳凱凌以及市政顧問鄭義雄都有案在身，分別是向廠商索賄以及財產申報不實，鄭義雄更索賄再行賄，而鄭文燦自己更是經歷上沖下洗，現在弊案纏身也被外界認為是黨內互打。桃園市議員魏筠（民）：「沒有說什麼總統介入，司法的這件事，我覺得這個就是，這種揣測就大可不必。」
原本有意2026重回縣市批戰袍，現在鄭文燦仕途路勘慮可能先被打入冷宮。
