王建民和女醫師爆出婚外情官司，女醫師的丈夫向王建民求償千萬，但台南高分院，認為2人間並未踰越婚姻關係，駁回請求。盡管全案再上訴，但最高法院駁回上訴確定，王建民免賠償。
王建民加入中華職棒後，進入中信兄弟隊擔任投手教練，只是他的交友狀況卻也成為焦點，2023年爆出，王建民被台南一名蕭姓醫美女醫師的丈夫提告介入婚姻，求償1000萬，但因為事情發生在十幾年前，而且沒有積極證據，王建民獲判免賠。
台南地方法院行政庭長劉秀君：「尚無從認定其二人間有男女情愫或親密交往舉止，未逾越一般社交行為之範圍。」
王建民和女醫師對話也曝光兩人通訊，王建民多是詢問醫美問題，還互相分享生活瑣事，王建民頂多說對方你好幼稚、你好可愛，沒有傾訴愛意字眼，兩人多次共赴台南漁光島和高雄旅行，也會互贈高貴禮物，不過實在沒有積極證據，官司耗時1年多，判王建民勝訴免賠，法官還王建民清白。
不過女醫生丈夫還提供3大本訊息，共約4萬則，平均每日170則紀錄，裡頭還有兩人合照對話，並指控半夜講電話長達1個半小時、互贈對方手表貴重玉石和名牌皮箱，女醫生丈夫不滿判決上訴，不過最高法院4日駁回上訴確定，王建民免賠償。
