前總統馬英九原本說好要出席總統府國慶大會，卻因為總統賴清德日前拋出祖國論，讓馬英九批評這等於是新兩國論，是把台灣推向險境，因此臨時決定不參加。不過，總統國慶當天的演說整體用詞不像先前那樣劍拔弩張，引發討論。
馬英九重砲批評賴清德，講完中文後再用英文重申，顯示他有多生氣。他原本打算到總統府參加國慶大典，但臨時不去了。
前總統馬英九：「因為賴清德總統主張新兩國論，追求台獨路線，嚴重違反中華民國憲法，將把台灣2300萬人民帶向險境，我要在此嚴重呼籲賴清德總統立即冷靜下來，懸崖勒馬。」
馬英九帶著講稿，有備而來，但沒想到賴總統國慶致詞並未再提及類似說法。賴清德：「113年前，一群充滿理想抱負的人揭竿起義推翻帝制，他們的夢想是建立一個民有民治民享的民主共和國。」
馬辦仍然批評，認為賴總統拋出祖國論後，美方再度強調一中原則，維持台海穩定，而國慶演說則顯得和緩許多，引發各界聯想。有學者認為，整篇演講承繼了兩國互不隸屬的論述，顯示政策立場已經定調，兩岸僵局恐怕難以改變。
淡江戰略研究所長李大中：「（國台辦聲明）就是新兩國論，新瓶裝舊酒，所以我覺得北京對於賴清德總統的兩岸路線的定調，大概已經是確定的，大概是非常的負面，非常高分貝的抨擊，這點大概不會有任何改變。」
過去賴清德立場鮮明，但最近調整言論，一再強調中華民國。對此，台獨理論大師之稱的民進黨前立委林濁水表示，總統和立法院長不約而同地語出悲戚，堅持扛中華民國走國際，真的讓人感受到孤臣孽子的情懷。賴總統做出穩健的選擇，仍然很難將支持者一網打盡。
