檢方追查柯文哲密帳，發現陳佩琪曾分批用ATM存上百萬到兒子戶頭。對此，陳佩琪說這是已故父親留給她的錢，還有演講費以及稿費。陳智菡也嗆聲：「原來柯文哲家庭連用ATM都有罪。」這反而證實陳佩琪真的有分批存鉅款！但她到底為什麼要這麼做？資深行員分析，臨櫃存超過50萬要申報，ATM存錢就不用申報。
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把錢存入帳戶，沒問題，問題在於方式及時間點「怪怪的」。上百萬就算是最大面額，也至少要存3次，時間點還剛好介於便當會期間，陳佩琪怎麼不選擇臨櫃存款？資深銀行行員：「依據洗錢防制法，是臨櫃50萬才會作申報的。利用ATM的話，如果他不是因為營業時間不方便來銀行，可能就會讓人感覺他存的比較大金額，會不會有疑似洗錢或是其他方面的行為。」
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為何分批？掩飾什麼？這些都是檢方調查的重點。因為有媒體指出，陳佩琪被列為證人時，應訊筆錄中指出柯文哲確實曾經拿上百萬現金給她，卻交代不清楚來源。一旦沒交代清楚，這就會連帶影響柯文哲的下場。民眾黨團主任陳智菡：「因為把所有的存簿，也就是存摺，都交給了檢調人員，沒有想到這些東西被拿來做成攻擊他的武器。」
陳智菡嗆聲：「原來柯文哲家庭連用ATM都有罪。」不就證實陳佩琪確實把上百萬分批存入ATM？儘管陳佩琪強調，這上百萬是包含已故父親留給她的錢，還有柯文哲的演講費以及稿費。但檢方針對柯文哲，除了圖利罪，更依公務員違背職權收賄罪偵辦，這代表確實查出收賄，恐怕面臨10年以上有期徒刑。
柯文哲夫人陳佩琪（2024.08.31）：「說我們有什麼大量不明的財產來源，這個我要說，這都不是事實，我的錢每一分每一筆，都是清清楚楚，乾乾淨淨明明白白來的。」
強調每一筆財產都清清白白，但檢廉特地找來柯文哲以及前台北市副市長彭振聲，兩位「夫人幫」問訊，肯定有原因。夫人說沒有秘密帳款，只是看來檢方不信。
