民眾黨主席柯文哲，不但政治獻金的金流有作假帳之嫌，就連來源也被綠營質疑「怪怪的」。據了解，柯文哲收受的個人捐贈有14萬多筆，其中高達93.7％都是以「現金」來捐款，甚至有310位民眾是手捧個人捐贈的上限，以「10萬元現金」來支持，與藍綠候選人比例相差十分懸殊，引發討論。
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柯文哲選總統期間，競選總幹事黃珊珊財務上也出了一份力。根據監察院政治獻金登錄網站，一筆5萬元的捐款項目使用「現金」捐款。以個人名義捐款有10萬上限，超過10萬必須使用支票或金融機構匯款。進一步查詢發現選舉期間，有310人拿著10萬或99999元現金，現場來砸柯文哲。
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台北市議員（民）顏若芳：「我們覺得很納悶，93.7％現金捐款，年輕人最多的民眾黨，怎麼不是用線上捐款或是用匯款的，而是選擇用現金金流的方式呢？」
號稱最受到年輕人支持的候選人，理應更擅長使用線上金流系統，但政治獻金主要捐贈方式竟然是「現金」，引發討論。攤開三位候選人的政治獻金資料，侯友宜的個人捐贈款項僅約20％是現金，賴清德的捐款幾乎99％透過匯款方式。然而柯文哲個人捐贈14萬多筆，現金比例占高達93.7％。匿名捐款2萬8千多筆，遠高於藍綠候選人，其中有60.8％用現金。網友質疑是否有意規避金流。
立委（民）賴瑞隆：「賴清德總統採用匯款這樣的方式，顯得就是公開透明。所謂公開透明的柯文哲卻採用了最多現金捐款，10萬現金捐款，甚至有大量匿名捐款。1萬以下的匿名捐款這是在規避些什麼，或者是隱匿什麼，我想這是社會大眾懷疑跟關注的。」
柯文哲政治獻金風波，諸多爭議說不清，受到各界放大檢視後，更加撲朔迷離。
