除了政治獻金申報不清的案件之外，柯文哲還有爭議的京華城案。時任北市副市長彭振聲被檢調列為被告，多名官員被約談。民眾黨主席柯文哲一再聲稱，自己只是在同一時間蓋了兩三個章，無法理解彭振聲為何被限制出境。對此，台北市議員游淑慧出面駁斥，直言當時柯文哲一手讓市府都發局繼續和京華城纏訟，一手卻讓都委會為京華城研議解套方式，根本是在玩兩面手法。
台北市議員（國）游淑慧：「我覺得不要內行人說外行話，不要用輕描淡寫三言兩語，好像一副很故作輕鬆的談話，就想把它掩蓋過去。」
國民黨議員游淑慧講的，就是柯文哲在台北市長任內的京華城案。看在游淑慧眼裡，柯文哲就是在裝沒事。游淑慧更指控柯文哲不只涉嫌圖利，更大玩兩面手法。台北市議員（國）游淑慧：「（柯文哲）甚至要求都發局跟（彭振聲）副市長要幫京華城的容積案擔任專案管理，這形同是兩手策略。你已經知道都發局不願意同意京華城的訴求了，怎麼又收下京華城的訴求，另外要求都委會去跟都發局打對台？」
民眾黨主席柯文哲：「這些議員每天這種爆料，我就受不了。你們對那資料，你們有什麼問題列出來，不做這種工作。我也知道議員每天就是要搏聲量。」
先前柯文哲才剛承認章是自己蓋的。面對爭議纏身，柯文哲始終講不清楚。尤其時任台北市副市長彭振聲以被告身分被限制出境，就有議員認為檢方應該立刻約談柯文哲。台北市議員（民）簡舒培：「（柯文哲）黃鼠狼給雞拜年，透過空中影像的方式在討好彭振聲，已經有空中串證的嫌疑。」
有學者也認為，容積獎勵本身就是圖利。一向對自己很有自信的柯文哲，卻面臨各種難關。撇除民眾黨假帳風波，自己身上的三大案也講不出個所以然。面對爭議一個個連環爆，恐怕柯文哲現在一個頭不只兩個大。
