不滿南海仲裁案結果，屏東縣東港區漁民發起「保祖產、護主權」活動，號召漁船前往太平島宣示主權。不過國防部24日表示，太平島屬「重要軍事設施管制區」，登島人員須於45日前向國防部完成申請。最後船員只好以牙痛、蜂窩性組織炎為由，申請醫療協助，終於完成「技術性登島」宣示主權任務！沒想到國防部昨（26日）又「加碼」表示，依規定只有從事國防安全事務、承包業務、學術研究等理由，才能申請登島，「並不對一般民眾開放」！
行政院發言人童振源25日就斥責屏漁民自組船隊登太平島，他強調，未經國防部同意登島，將讓國家「主權」蕩然無存。對此宅神朱學恆就在臉書上痛批，「因為漁民踏上自己國家的領土會讓國家主權蕩然無存？這主權是哪一國的主權啊？」。另也有退役將領也抨擊童發言不當，直問「你是哪一國發言人？」對此童昨（26日）澄清表示，「在沒有經過相關國防安全考量及評估下擅自進入太平島，將對國防安全產生危害，損及國家權益」。
另一方面，根據《聯合報》報導，軍事發言人陳中吉少將強調，自從民國89年東沙、南沙的防務交給海巡署，政府就將當地宣告為「重要軍事設施管制區」。民國102年的「東沙南沙進出口管制規定」，是由國防部與海巡署共同制訂，並非這一次才突然拿出來刁難漁民。針對申請門檻再加碼，參謀本部作戰次長室聯戰處長鍾樹明解釋，目前依規定只有四類對象能夠申請登島：
1.執行公務和從事參與國防安全事務人員。
2.和國防部訂約的工商組織和參與國防安全事務人員。
3.外國籍人士實際從事參與國防安全事務人員。
4.從事裝備維保和學術研究人員。
至於一般民眾，並沒有開放申請進出太平島。另外我國籍或外國籍漁船，因為故障緊急避難等相關需要，向島上申請緊急救援，由海巡署依規定實施緊急救援，並不在限定內。
除此之外，外界質疑為何登島人員須於「45日前」向國防部完成申請？參謀本部作戰次長室聯戰處長鍾樹明少將則解釋，依據現行規定，三類人士不能登島：
1.曾犯內亂外患罪。
2.大陸人民入台設籍未滿20年，或港澳地區設籍未滿10年。
3.雙重國籍人員。
空軍司令部必須將名單函送警政署和移民署等單位，實施相關審查，所以需要45天作業時間。
