新任教育部長吳茂昆，曾經擔任對岸學術機構的顧問，遭到國民黨質疑，對此吳茂昆本人發布聲明回應，他到中國都是進行短期學術交流，都有事先申請，而且沒有答應過任何職務。
國民黨重砲對準新任教育部長吳茂昆，行政院人事令宣布不到一天，這位新教長就被連環爆料，曾經到對岸幾所大學開講座，不只如此，2016年10月開始，吳茂昆還擔任中國科學院高能物理研究所顧問，這是中國大陸一級科學研究機構直接隸屬中國國務院，官方色彩濃厚，面對質疑，吳茂昆透過教育部發表聲明。
吳茂昆政治立場先引發關注，不過他其實是物理學者出身，在超導體領域上的重大發現，還曾經讓他被提名諾貝爾物理學獎。科學家過去認為要達到超導體，溫度得在-180度c至-250度c，但吳茂昆領導的研發團隊發現「鐵硒超導體」新組合材料，只要在室溫下就能達成，如果應用在磁浮列車，理論上可飆到時速1600公里，比飛機還快，不只學術成就，吳茂昆還很關心教育議題以及學生運動。
太陽花學運期間，吳茂昆進入議場力挺反服貿學生，當時因此獲得好評，不過在擔任東華校長期間，卻又爭議不斷！吳茂昆毀譽參半，接新教長，外界都以高標準檢視，畢竟上任以後得先接手卡管案，可不能自己先犯規。
