受米克拉颱風外圍環流、西南風增強及鋒面接近影響，全台自25日起至27日將出現明顯降雨。經濟部25日上午將應變小組提升為二級開設，水利署同步召開防汛整備會議，要求各地加強排水設施巡檢、防洪工程整備及抽水設備部署，以降低積淹水風險。截至25日上午11時，全台已累計40處積淹水災情。
米克拉颱風已減弱為輕度颱風，預計朝偏北方向接近琉球群島後，再轉向東北方遠離。不過受外圍水氣、西南風及鋒面影響，台灣各地仍面臨顯著降雨威脅。
因應天氣變化，經濟部於25日上午9時將應變小組提升為二級開設。水利署署長林元鵬召集各河川分署召開防汛整備視訊會議，盤點各地防災整備情況，並要求加強與地方政府聯繫，提前完成排水溝清理、滯洪池放空及機具檢整等工作。
水利署表示，花蓮溪及馬太鞍溪疏濬量已達2,210萬立方公尺，相關堤防復建工程也已提前完成，恢復河川標準通洪能力。
此外，高規格堤防工程已於6月10日開工，預計明年底完工；萬榮地區既有農路加高工程已完成4.6公里，以強化防洪能力。為因應今年颱洪可能帶來的大量土砂，水利署也已發包五項疏濬工程，總量能達600萬立方公尺。
抽水設備方面，目前已於現場預先部署6台大型移動式抽水機，並於25日再增派2部機組至箭瑛大橋待命，以便隨時支援排水作業。
針對6月21日在萬里溪上游林班地形成的堰塞湖，水利署已啟動三級應變機制，並由總工程司室進駐前進指揮所持續監控。
第九河川分署指出，目前萬里溪河道通洪能力仍高於百年重現期洪水量設計標準，但為提高安全性，已針對重要保全對象周邊堤段進行加固作業。
其中，鳳林二號堤防堤頭已完成混凝土方塊保護工程；鐵路橋下游右岸護岸也已完成堤頂加高作業。西寶大橋上游右岸林田山堤防、西寶大橋下游森榮一號堤防及山興堤防等區域，則持續進行加高與防護工程，以提升防洪能力。
為因應本次豪雨，水利署各分署已備妥防汛塊17萬6402個、防水擋板2萬5504公尺，以及沙包與太空包共5萬8482個。
抽水設備部分，各縣市共配置大型移動式抽水機1,792台，其中994台已預先部署，798台可機動調度；中小型抽水機則有2,664台。水利署另控管98台大型抽水機，可視災情支援各地。
此外，22件破堤施工案件及132件在建工程均已完成防汛整備檢查；河川重點區域清淤作業累計完成3,037萬立方公尺；與地方政府盤點的37處外水及83處內水防汛熱點，也已完成相關因應措施。
水利署統計，截至25日上午11時，全台已有40處積淹水災情，主要分布於嘉義縣市、高雄市及屏東縣。
相關單位評估，若後續雨勢逐漸減弱，多數積水地區可望陸續退水，但仍須持續關注降雨變化及排水狀況。
在水資源方面，水利署表示，目前各主要水庫蓄水情況良好。寶山、寶二及永和山水庫蓄水率達100%，石門及南化水庫約97%，德基水庫96%，鯉魚潭水庫85%，翡翠水庫81%，蘭潭與仁義潭合計約70%，曾文與烏山頭水庫合計約46%。
各水資源分署已規劃高水位操作策略，在兼顧防洪安全的同時，確保供水穩定。
水利署提醒，汛期期間民眾應隨時留意最新氣象與水情資訊，並主動清理住家陽台排水孔及周邊排水設施，降低積水風險。
相關單位也呼籲民眾善用水利防災資訊服務網、防汛抗旱社群平台、「行動水情」App及警戒簡訊系統，即時掌握防災與避災資訊，做好防汛準備。
