全台交通也受颱風影響台鐵東部幹線南迴線，包括對號列車區間車，各支線都全線停駛，高鐵改成每小時2班次，各站點正常運行，蘇花公路則有多路段已經實施預警性封閉。
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花蓮車站外風雨不小，馬路上空空如也，而車站內部因為大雨出現小部分積水情況，鐵路也擔心康芮的風雨，因此有列車已經停駛。
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花蓮車站站長楊舜安：「本公司今天東部幹線，南迴線還有各支線都全線停駛，包括對號列車區間車。」其中中部列車，基隆到彰化只行駛到中午12點前，八堵到臺東的東部幹線還有三貂嶺到瑞芳，通通全線停駛。民眾：「原本想搭自強號，然後結果到現場的時候，他跟我說停駛，然後連區間都沒辦法。」
台北車站台鐵這邊為了安全起見，今天西部幹線在中午12點之前，只有機動的行駛區間車，對號列車全部都是停駛的情況。高鐵31號則是正常運行，但改成每小時2班次，每輛班次都是整點和半點發車，全車自由座，站站都停靠的方式。
而受到康芮颱風外圍環流強降雨勢影響，北迴線崇德路段已經發現有土石流出現。為了維護用路人安全，出現陣風8級的台9線113K到崇德路段，以及台9丁線蘇澳到和仁路段，還有豐濱至石梯坪路段，將持續實施預警性道路封閉。蘇澳到東澳路段則將依蘇花改高架橋路段風力管理值，開放降速以每小時30公里緩慢通行。
此外，台東太麻里的金崙大橋也在31號上午8點多實施預警性封閉。由於不少纜線被強風大雨吹落，台東上午9點多停電戶數已經達到7589戶，其中長濱停電戶最多。台電則表示會在風雨減緩後立即搶修。
