台鐵公司化後，由於不再算是公務員，無法享有公務員的穩定性，再加上起薪低、需要輪班，因此台鐵人力管理也出現問題。近日更傳出台鐵試辦四輪三班。且審計部要求台鐵將乘務人員的旅費納入所得申報，可能會導致員工加班費減少，也讓不少台鐵職員不滿。
有台鐵員工在臉書「靠北台鐵」發文抱怨，表示乘務人員被審計部查水表，「是政府很缺錢，還是只是想修理台鐵」，並指出最近四輪三班風暴再起，「新進人員跟退休人數有打平就不錯了，真的有補到人？台鐵公司化不是想漲價賺錢，而是先從員工身上榨汁，員工福利沒看到，卻先被變相減薪」。
根據《ETtoday新聞雲》的報導，台鐵企業工會理事長陳世杰也指出，最近台鐵中區營運處發函通知，根據公司指示，正評估在車站試辦四輪三班制的可能性，工會已立即展開溝通。由於台鐵與工會簽署了團體協約，涵蓋工作條件和內容，因此若要推行四輪三班制，必須先與工會進行協調。
陳世杰進一步解釋，台鐵的目的在於減少加班費用，尤其是考慮到公司化後，退休和離職人員不少，新進人力難以填補缺口，特別是技術類職位，然而薪資結構偏低，難以吸引到合適的人才，因此台鐵計畫先在非技術類車站進行四輪三班制的試辦，但根據團體協約的要求，工會反對此計畫的即時推動。
陳世杰認為，許多台鐵員工依靠加班費來增加家庭收入，一旦全面實施四輪三班制，薪點較低的員工每月的加班費可能會減少6000到8000元，而薪點較高者則可能減少1萬多元，因此台鐵應該重新檢討新進從業人員的薪資水平，並調整薪資結構，讓員工有更多選擇，可以根據個人需求選擇是否參與四輪三班制，或者維持目前的輪班制度，以保障員工的權益和福利。
對此，台鐵公司也進行回應，表示他們會充分考量法律的規定、整體員工的薪資待遇、員工的健康以及工作與生活的平衡。台鐵還強調，任何工作班制的變革都會先經過工時協商，並達成共識，目前並未要求在剪收票窗口實施四輪三班制。
此外，台鐵也解釋，審計部來函提醒，乘務人員的旅費應納入員工的薪資所得申報，並且未依照所得稅法規定進行相應的申報，因此台鐵公司被要求必須補正112年度相關的乘務旅費所得申報。
事實上，今年台鐵公司化後首次進行人員招募，預計錄取首批從業人員936人，而在經過初試和體能測驗複試後，台鐵公布共有756人成功錄取，錄取率約為16.91%，其中台東電力段的電機人員預計要招募7人，但僅有1人報名，且最終還未錄取，導致該段沒有任何新人，這樣的招考結果相較於過去被視為人人搶要的「鐵飯碗」工作，明顯不如過往。
當時這場招考結果也引起眾多網友熱議，當時不少人都點出問題所在，認為台鐵要求專業，但薪水卻又偏低，「薪水慘，重點還要求專業，此外還要配合輪班」、「3.3萬，要學習專業，要扛人命責任」、「3萬3要輪值，還敢用考試篩人」、「那種爛薪資、那種工作條件跟工作量、萬一出事要背黑鍋，去麥當勞打工算了」、「電機專業有更好的出路」、「隨便去個電子代工廠，應該都贏台鐵」。
