新竹南寮漁港因為先天因素，長期有飛沙與淤積問題，漁港淤積造成漁船擱淺，退潮後，航道變成沙洲，積著大片淤砂，新竹市政府才剛完成疏濬，但漁港淤積問題依舊存在，從2007年到2023年，清淤至少花了2億3000萬元，但10幾年過去，淤沙反而愈清愈嚴重，新竹漁港儼然變成新竹溼地。新竹市議員劉康彥：「既然新竹漁港是漁業署，列管的一級漁港，就呼籲中央扛起責任，找到根本性克服淤沙的做法。」
新竹南寮魚船業者關船長：「我們是有建議就是說把航道做縮窄，讓近來的沙會變得比較少，利用洋流退潮的關係，把沙抽出去自動帶出去。」
目前新竹漁港的淤沙量約有185萬噸，預估全數清理完畢的工程，預算至少需5.2億元，現在漁民業者也希望漁港成濕地的問題，中央能扛起責任，盡快解決淤積情形。
