健康人腸道是一個極為複雜的細菌共生體，超過100萬億個細菌細胞，涵蓋1000個不同種屬的菌株。很多人會把「排便順暢」和「促進消化」兩個混為一談，益生菌在一般情況下，主要被探討的是「減少腸道壞菌」與「整腸」的功能。「促進消化」則是指把營養素分解讓人體可以吸收攝取，適合補充的是消化酵素、鳳梨酵素、木瓜和奇異果酵素才能有促進消化作用，兩者有所區別，消費者很容易混淆。
人體的大腸有150-160公分長，腸道內的壞菌大約是總菌數的20%，包括引起腹瀉「金黃色葡萄球菌」、造成潰瘍的「幽門螺旋桿菌」，還有一些可能會引發腸胃炎的「沙門氏菌」，其他50-60%是中性菌，中性菌又稱「條件致病菌」，平時對腸道不會造成影響，但是，當好壞菌在腸道中的數量產生變動，中性菌就會依附於數量比要強勢的一方。
腸道健康影響著我們人體70%的免疫系統，也會影響我們的代謝，進而導致糖尿病，脂肪肝，還有一些心臟的健康等等
如果想要透過攝取食物得到益生菌，可以補充一些富含膳食纖維的食物或發酵過的食品，都有大量的益生菌和益生質，包括無糖優格、乳酪、納豆、或是泡菜，但要注意泡菜的高鹽分對胃部功能不太好的族群要適量，優格也建議挑選無糖，以免益生菌還沒有補充到位，已經先產生肥胖問題。
益生菌不管是從天然的食物攝取或是透過保健食品，最重要的就是需要有「益生質」的幫忙才能存活的比較久，所以，攝取一些蔬果膳食纖維可以有效的輔助益生菌的存活，像是糙米、燕麥、山藥、蘆筍、杏仁核桃、南瓜子、木耳香菇、金針菇等等，都是富含益生質的天然食材。
益生菌透過膳食纖維繁殖後，會產生有機酸，有機酸會讓喜歡鹼性環境的壞菌無法久留，還可以促進腸道表皮細胞的正常代謝，對於改善人體的免疫也有一定程度的幫忙。
首先，要知道為什麼會有臭屁。當腸道的壞菌增加，導致蠕動異常，糞便停留在腸道的時間過久，水分可能被吸收太多，正常糞便含水量是70-80%內，超過80%以上稱為「腹瀉」，小於60%以下糞便就會變得很硬。當糞便在腸道停留的時間太久就會逐漸腐敗，產生大量毒素，這些毒素會被腸黏膜吸收，破壞其他身體器官。
另一種情況屬於「外來壓迫」，當內臟脂肪含量過多，也會直接性的去壓迫到腸道蠕動，造成出口阻塞型的便秘，長期下來可能影響免疫系統與心血管健康，所以，BMI超標者要減少腸道問題，減重是促進腸道蠕動的一環，另外，多運動，攝取足夠膳食纖維和益生菌也很重要。
益生菌種類很多，科學家不斷從腸道中找尋解決身體各種疾病的有效菌種，從最一開始的AB菌、嗜酸乳桿菌和雙崎乳酸桿菌、龍根菌、雷特斯菌主訴求是改善腸道健康，調整腸道腹瀉和便秘。隨後發展到調節免疫的副乾酪乳酸桿菌LP菌、LGG鼠李糖乳桿菌、BB12雙岐桿菌。有些菌定殖小腸，有些菌則可以定殖於全腸。
目前，全球針對益生菌研究的科學文獻已超過315篇，其中190篇為人體臨床的研究，針對在一些兒童感染性腹瀉，抗生素相關腹瀉，過敏預防及輔助治療，甚至對於異位性皮膚都能起到改善作用。
建議攝取副乾酪乳酸桿菌LP菌、LGG鼠李糖乳桿菌、BB12雙岐桿菌，當然也可以配合額外添加調節免疫的複合成分如葡聚多糖體。孕媽咪在懷孕後期也可以考慮把鼠李糖乳酸桿菌GR-1、羅伊氏乳酸桿菌RC-14納入補充，加強私密道健康
目前也有針對COVID-19被研發出來的菌株，像是Lactobacillus plantarum CECT 7485，這隻菌進到腸道後，會提升腸道屏障功能，製造Acetate和Acetylcholine以平衡腸道黏膜的發炎反應，還有合成poly-p改善腸道滲透性、修復腸道黏膜，進一步刺激免疫細胞分泌IgM，降低因病毒感染而造成的副作用，並且縮短病程。
建議可以攝取一些編號為CECT 7528胚芽乳酸桿菌，有應用在降低LDL並同時抑制HMG-coA reductase，能降低血中的膽固醇並黏附在腸壁，維持消化機能健康。
療程治療完畢後會建議可補充一些芽孢乳酸菌BC198或BC30及LAB2PRO這三類型的複合菌，搭配大豆發酵物，蛋黃粉，高麗菜牛蒡絲萃取，輔助胃黏膜健康，避免幽門螺旋桿菌反覆的侵擾
如果平時水分喝的少，又喜歡泡溫泉，或是本身免疫系統比較差，會建議補充鼠李糖乳酸桿菌GR-1、羅伊氏乳酸桿菌RC-14，幫助平衡私密處菌群，維持黏膜層健康，避免反覆感染，這類益生菌通常也搭配蔓越莓製作為複方型式。
可以考慮補充認證菌株PS128+GABA，BIOJOVIAL ProGA28 專利好眠菌，Sensoril專利的南非醉茄經臨床證實有助放鬆心情，調整睡眠品質，在近期的國際期刊內也有陳述。
建議可以挑選菌數多，菌量稍高，合併膳食纖維或是消化酵素的益生菌
最新2016年期刊中，腎臟不好的患者也建議補充益生菌，但改善腎臟的菌種有別於以上所述，需要特定菌株才能達到效果。
在腸腎軸的系統中，腸胃道的健康和腎臟息息相關，胃腸道對於腎臟功能具有調節作用，CKD慢性腎臟病者在疾病進展中會出現腸道微生態系統的紊亂，而益生菌減少會讓尿毒素在血液中不斷累積，無法被及時清除，導致腎臟進一步惡化。腸道的毒素也會激活腸黏膜，誘發全身性的發炎反應發生，加重腎臟損傷。所以，透析患者在門市端也有適合補充的益生菌，建議到藥局諮詢專業藥師。
挑選益生菌的重點，要依據消費者的個人需求，假如針對調節過敏專用的菌株，就要著重在特定菌有沒有過敏的臨床實驗，需要腸胃道保健，可以選擇有包埋專利技術的菌種，比較不容易被胃酸破壞掉，還有菌株是否有安定性試驗，有無「定殖力」試驗，都可以列入選擇的重點考量。
值得提醒的是，如果是脾臟切除的族群，或是生活三餐不正常，纖維量攝取少者，除了益生菌以外會建議添加促進消化的消化酵素複方。
攝取好的益生菌就是希望當益生菌進入胃腸道時，能夠排擠掉壞菌的生存空間，讓壞菌離開人體，達到改善腸道蠕動、排便順暢以及減少毒素效果。雖然大劑量的補充益生菌可以改善腸胃道健康，但是益生菌同時也容易受到胃酸和加熱的干擾，雖然吃下千軍萬馬，存活者最終可能寥寥無幾。
2016年發表在基因體醫學的一篇研究，分析了糞便中的益生菌，發現單獨補充益生菌只有少部分可以從胃存活到小腸及大腸，菌量並沒有辦法達到想要調整腸道菌群的目的，因此，科學家發現補充益生菌的同時，必須要提供食物讓益生菌好好的存活下來，才能延長存活時間還有存活菌數，這稱為共生質，所以常見會添加配方成份包括果寡糖，木寡糖，菊糖等等膳食纖維。
食物的攝取是最快速最直接的，一般建議消費者在三餐中都能攝取益生菌和適量的膳食纖維，但是這樣是否真正足夠？最簡單的判別方式就是觀察自己的排便習慣及糞便狀態，如果糞便含水量多，排便順暢且量足夠，表示腸道功能健康，倘若三、五天才能上一次廁所，外觀偏黑或墨綠色，代表可能有細菌感染或是膽汁問題，或是正在服用抗生素。
更危險者包括灰白色或紅色糞便，除非有服用火龍果或是吃太多紅蘿蔔，否則當注意到糞便顏色改變時，就應有危機意識，最好至門診諮詢專科醫師，再評估是否服用益生菌輔助調整。
早期包埋技術未成熟時，因益生菌本身不耐胃酸，許多產品會建議消費者飯後吃，因為空腹的胃酸PH值約為2-3。隨著科技的進步，包埋技術的突破，不少商品不再建議只能飯前或飯後吃，甚至會註明飯前飯後皆可。但要注意益生菌處理後可以耐胃酸卻不代表能耐「高溫」，很多長輩喜歡在喝湯、喝咖啡時配益生菌一起吃，這是非常錯誤的觀念，甚至新手媽媽花了大把鈔票購買有添加益生菌的奶粉，卻用高溫沖泡，當中的好菌大概也已全軍覆沒。
補充益生菌的時間，建議參考商品外盒，檢查是否有特別標示，份量上也會有明確的指示要一天適合的數量，通常會依症狀而有些許不同，無法一概而論。至於補充時間建議至少持續2-3個月，讓菌株適應腸道環境後可以自行繁殖，才能達到所須的整腸效果。另外，菌量也不是越多越好，益生菌數量一天建議不要超過三百億，過多對人體也不是好的事情。
假如今天是因為外食，纖維攝取過少，或是有服用抗生素導致好菌下降，並非是排便不順，這種情況下要特別注意標示，某些標榜益生菌的商品可能暗藏番瀉葉，蘆薈素，氧化鎂等緩瀉成分，對於正在胃腸道出血或有潰瘍者，不建議補充這類益生菌。
另外，如果是黏膜有破損的情況，益生菌有可能經由傷口跑進身體的血流，進而引起一些不必要的併發症或嚴重敗血症。某些免疫功能太低或是正在施打化療藥的患者，也不太建議大量補充益生菌。
很多消費者在藥局常會想要購買藥用益生菌，比如像宮入菌去做腸道保養，但這類益生菌比較常應用在Cephalosporin類抗生素導致的腹瀉情況，不適合所有族群，建議選擇益生菌前諮詢藥局藥師，瞭解是否適合當下症狀再做補充。
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