新北捷三鶯線正式收費第一天，發生收費爭議，就有民眾抱怨自己轉乘板南線時遭到2次扣款，由於兩條線屬於不同公司營運，對此新北捷也出面回應，表示兩條線票價本來就是獨立計算。
新北捷三鶯線免費試營運兩個月後，1日正式開始收費，卻沒想到才第一天就出現意外插曲。有民眾在網上發文抱怨，自己搭乘三鶯線後，轉乘板南線，卻發現遭到扣款2次，且里程及票價都是分開計算，詢問站務人員後未能獲得明確答案，甚至被告知要等5至7個工作天才能回覆。讓他質疑「難道大家都只搭三鶯線，但不轉乘嗎？」
有網友留言解釋，三鶯線由新北捷運公司營運，板南線則屬台北捷運系統，本來就是不同營運單位，轉乘採分段計費。新北捷運公司也進一步說明，三鶯線與北捷板南線票價本來就是獨立計算，不會有合併後的「三鶯線＋板南線」單一票價表。
不過，兩系統之間將比照淡海輕軌、安坑輕軌，轉乘台北捷運的方式，提供4至8元轉乘優惠。
