上世紀70年代到本世紀初，香港的維多利亞港一直散發著惡臭。史無前例的經濟增長可能已經讓香港（按其中文本意，英文意譯應該是「Fragrant Harbour」，即芳香的海港，見諸現實，則頗具諷刺）變成了一隻經濟老虎，但不斷增長的人口，以及工業和農業的擴張，也把香港的維多利亞港變成了一個巨大的污水渠。
維多利亞港的海水中充滿了人類排洩物和豬場雞場排出的污水，以及來自新界地區紡織和金屬電鍍工業，含有化學物質和重金屬但未經處理即排放入海的工業廢水。水質測試顯示維港海水中含有大量的腸道菌群，包括大腸桿菌，這說明海水受到人類糞便的污染，對人體健康已形成威脅。
香港政府1989年公布一份政策文件披露，香港每天排放的200萬噸污水和工業廢水，其中只有10%經過某類生物處理，40%經過部分處理，然後這些已處理或部分處理的污水經延伸到海堤以外數十公尺的海底管道排放入海。另外50%未經任何處理的污水則於近海岸處直接排放入海。此外，香港許多地區在開發時沒有興建適當的污水管道，而且五分之四的污水處理設施達不到規定的標凖。
維倫德拉‧阿南德（Virendra Anand）1991年到1993年住在銅鑼灣避風塘的一艘船上。阿南德說，「那個時候，我們這些有船的人根本不需要為船身清洗除垢。本來通常每兩到三年就需要清洗一次船身，以防止藤壺等海洋動物寄生在船體上。」阿南德的公司參與了後來的淨化海港計劃。他說，「可笑的是，不會有東西寄生在船身，因為我們的船是漂浮在污水中。」
這份1989年的文件最終為一個雄心勃勃的三階段污水處理系統奠定了基礎。計劃是用該系統收集香港不同地區的污水，經過計劃建於維多利亞港西端的昂船洲污水處理廠處理後再排放到公海中。
但這個計劃引起了爭議。中國聲稱，這個當時預算耗資15.5億美元的污水處理工程過於昂貴，而且工程還將對珠江三角洲的海洋環境產生負面影響。而香港一些環保人士也不滿，說污水處理還不夠徹底，將只作部分處理的廢水排入公海是危險措施。但中國的反對也讓一些香港環保人士，比如喬安娜·魯克斯頓（Joanna Ruxton）等，擔心這個淨化維港計劃會在1997年香港主權交給中國後被擱置，因為當時人們認為中國不重視環境保護。
雖然遭到政治上的反對，這個污水處理計劃的隧道系統工程於1995年動工，但遇到了具有挑戰性的地質條件，因為隧道將在堅硬的花崗岩和火山岩中鑽挖。計劃在1996年12月被迫暫停，因為承建商難以進行這項工程。批評人士指責香港渠務署未作充分的地質勘測，沒有考慮到已有的海底管道設施。當時，研究維多利亞港污染的人士發現，維港海水中的細菌量與未經處理的污水差不多。
出師不利之後，這個計劃在1997年又重新啟動，但原來面臨的巨大挑戰並沒有消失。這些污水隧道需要避開香港錯綜複雜的地下鐵路系統、過海隧道、建築地基，以及由煤氣管道、電訊線路和電氣組成的地下網絡。因此，污水隧道必須建在海平面以下70到160公尺之間，但這會使隧道遭到地下水湧入的危險。為了解決這些難題，承建商採用了「鑽孔爆破」的方法，同時又建造了可保持斷層帶和破碎地面穩定的架構。承建商總共使用了約2000噸炸藥來完成這項工作。
第一期隧道工程2001年完成時，香港已形成一個長23.6公里的隧道網絡，可在其中興建污水輸送系統，而此時昂船洲的污水處理廠也已完工，可隨時開始污水處理。
第一期工程剛完成，臭氣刺鼻的維多利亞港水質立刻得到了改善。污水處理廠的升級和大規模地下污水輸送管道的建成，使得維港海水中70%有機污染物和80%的懸浮物被清除掉。第一期工程完工，海水中的大腸桿菌的數量減少了50%。於2015年12月完工的第二期工程，又增加了21公里長的地下管道，將維港兩岸其餘地區也納入這個污水處理系統。因此前後兩期整個工程為香港已有的污水輸送系統多增加了一個長45公里、深160米的重要污水輸送系統。如今，整個系統能將全港93%的污水輸送到昂船洲污水處理廠。
香港大學太古海洋科學研究所教授梁美儀（Kenneth Leung Mei-Yee）指出，2016至2018年維多利亞港的海水大腸桿菌含量比1997至2001年下降了92.5%。水質的改善使女游泳教練艾迪（Edie Hu）在2018年能夠在維港下水，成為首位完成45公里香港環島遊的亞洲女性。艾迪在水裏遊了相當長的時間，但之後無任何不良反應。
但是，到目前為止，淨化維港計劃只完成了一半。2017年，香港政府決定擱置計劃的下一階段工程，停止建造一座二級地下生物污水處理廠。香港政府希望改變計劃，以處理來自雨水渠和非法排放的污水，因為這些污水會直接流入維多利亞港。
香港大學海事歷史學家戴偉思（Stephen Davis）表示，「大量海洋污染是暴雨帶來的，暴雨把城市排水系統中的所有東西都衝入海中。所以下了一段時間的大雨後，大海就變成了一個恐怖的場所。雨水衝刷到每條明渠或每座山坡上的露天排水溝，這些溝渠滿是塑料袋和糖果紙，所以全部的垃圾都被衝到海面或海底。」除了一次性使用的塑料，還有海洋垃圾，比如進出貨櫃碼頭的船隻所洩漏的石油、腐爛的藻類，以及在排水口和海牀附近發現的沉澱物等。
此外，還有珠江三角洲上游人口稠密地區帶來的挑戰。像戴偉思和梁美儀等專家十分警惕潮汐漲落帶來的後果。戴偉思說，「漲潮時，香港東面的海水會湧入海港，帶來的是乾淨的水。但低潮時，珠江三角洲排放的污水會隨著落潮流入維港，對維港的水質造成直接影響。」
香港前環境局副局長陸恭蕙認為，香港有能力保持乾淨的水質，但需要更大的視野。她說，「維多利亞港像其他水域一樣，也必須考慮周遭的大環境。所有活動都可能造成污染和環境破壞。香港本地的污染可以控制得更好，但也必須考慮到填海造地等自然變化造成的破壞。填海會引起水流的變化，可能產生水流靜止不動的死水區。」
陸恭蕙還強調，保護維港水質香港不能只靠自己。她表示，「香港需要採納中國有關海洋經濟的政策。」如此，對沿海基礎設施的規劃才會對整個地區有意義。
或許是花了幾十年時間和數十億英鎊才實現了維港水質的改善，但由複雜隧道工程而形成的排水系統其效果也顯而易見。以前香港的水質不比未經處理的污水乾淨多少，但現在香港周圍的水域，至少在漲潮時，已是勇者敢於下水游泳的地方。
