針對柯案，總統府資政謝長廷認為，起訢文件中的收賄證據確實薄弱，也提到司法公信力等問題，貼文一出引發熱議。不過，謝長廷的發文同時引來罵聲，但他的一貫信念，就是起訴必須要有明確的證據。
謝長廷28日發文，指出任何人把柯文哲的起訢文件讀了後，相信一定對政商的複雜關係印象深刻，而心生反感，但就法律上的犯罪要件而言，收賄的證據確實薄弱了一點，尤其在押人四月之後，交出如此起訴書，未來發展可以預見必然爭議迭起，牽動政局變化。
謝長廷提到，最近法務單位公佈一項資料，說近10年貪污犯罪起訴定罪率也有7成，即使如此，三件有一件無罪，公信力也值得檢討。
謝長廷坦言，有時被起訴並不是因為有罪，而是因為輿論認為有罪，所以製造「輿論審判」變成法廷鬥爭的重要一環，幾乎所有被告都會喊寃，社會都是半信半疑，結果是假寃佔便宜，真寃的倒霉，所以司法公信力低落，也是社會亂源之一。
然而，謝長廷在28日的貼文，似乎引起反彈，但他事隔2天再度發文，說類似漫駡他並不陌生，為了維護基本人權，他曾多次為舉世滔滔皆曰可殺的被告辯護，每次都頂著漫駡，他一貫的信念就是「起訴必須有明確的證據」。
謝長廷強調，他沒有替柯文哲辯護，只是說起訴書的證據薄弱，至於批評他的人，應該證明「證據不薄弱或證據很堅強」才符合邏輯，而不是駡他替壞人開脫，這是莫須有的抹黑。
