根據香港媒體爆料，蔡英文政府解禁日本核災食品的立場如此堅定的背後，動機恐怕不單純。香港亞洲週刊報導，蔡政府疑似以解禁核災食品入台為條件，做為和日本進行自由貿易協定（FTA）談判的籌碼。為了制衡大陸而透過進口核災食品加強台日雙方關係，此舉不僅使台灣食安再度進入黑暗時期，也令民眾對於綠色執政再度打上一個大問號。
知情人士透露，今年10月31日在東京舉辦的「台日海洋事務合作對話」中，本來預定要擔任顧問並列席指導的亞東關係協會會長邱義仁，在出發前卻突然改任團長，且會議結束後他與國安會秘書長吳釗燮會合，且還在日本多停留一天。據周刊報導，他們會了見日本內閣官員，承諾蔡英文政府將於11月17日宣布解禁核災區食品，並有兩個月緩衝期，明年1月解禁。而日方則回應若一切順利進行，將會在11月28日於台北舉辦的「台日經貿會議」中啟動台日自由貿易協定，即「台日經濟夥伴協定」（EPA）的談判。
熟悉日本政治情勢的人士表示，日方原本認為對於馬前總統為南海仲裁案登上太平島一事十分感冒，因此不斷延宕和馬政府簽署FTA的程序，造成當時原本預定進口核災食品的計畫最終不了了之。但在親日的民進黨勝選後，日本政府又再次復甦了出口核災食品到台的計畫，前述人士指出，今年5月5日時日本首相安倍晉三的胞弟岸信夫赴台祝賀蔡英文就職，主要就是為了協商核災食品進口解禁相關事宜。
但是蔡政府卻沒料到開放核災食品進口竟造成軒然大波以及民眾強力反彈聲浪。報導中引述了解內情的人士指出：「現在最大問題是，蔡政府已經給日本承諾要開放，但因為國內問題無法解決，所以要拖延作業，日本政府對此也不是很滿意，過去雙方的癥結點是在這個地方。」
目前台、中、日三國之間關係撲朔迷離，每一個國家都在背後精打細算，表面上也許是台灣想要以進口核災食品為條件拉攏日本，成為對抗大陸的同一陣線，但日本也想箝制住台灣，作為和大陸斡旋的前哨站。但一向對日貿易入超的台灣，面對進口核災食品的條件只能全盤接受，沒有其他有力的籌碼能放上談判桌，但犧牲的卻是市井小民口中的溫飽，以及對政府逐漸消磨殆盡的信任。
